一日８時間勤務、土日が休みの完全週休２日制の会社があって、

その１週間の平日に２日間、年次有給休暇を取得した社員がいたりして、
その上で土日に出勤した場合、１週間の実際の勤務時間数は、ちょうど40時間です。

その場合、日曜日は、1.35倍で支払わなければいけません。
土曜日は、１週間40時間を超えていませんから、1.0倍の算出で構いません。

実際の勤務時間数は40時間を超えていませんが、
週１日の休日が確保できているかという観点でみると、
年次有給休暇を取得した日はあくまでも勤務日ですから、休日扱いにはなりません。
結果、その１週間は休日がとれていないことになります。非常に特殊なケースです。

年次有給休暇で休んでいても、休日ではないから、
土・日出勤した場合の、日曜日は必ず1.35で支払う必要があるってことです。

では、土曜日は？
こちらは、週40時間を超えていないので、1.0倍で算出することになります。

理解できますか？　面倒くさいので公休日はちゃんと休んでもらいましょう。